Pour ma part vu les écarts entre Google Analytics et les logs files, on privilégie les logs files. D'une c'est facile à stoquer, ça se compresse très bien et surtout on a toutes les données.
En effet quand un navigateur fait une requête, il a beau avoir tous les adblock, trackerblock, javascript bloqué il laisse quand même un GET dans les logs.
Du coup des outils comme Awstats marchent super bien, testé et approuvé sur un site utilisée par toute les mères de France avec 3 millions de visiteurs par jour en pointe.
Le delta pour ce site c'était de l'ordre de 20% en plus sur des trucs de bases comme des hits. Je parle pas de visiteurs unique tellement c'est une notion floue quand toute une boite est derrière des proxy et que les navigateurs bloquent les trackers dont GA. Ce delta sur les sites de nos clients varie entre 10% pour les sites grand publique à des presque 40% pour des sites high tech / geek où là on voit clairement que les gens utilisent en masse les bloqueurs de tracker.
Du coup les logs sont bien plus fiables que les stats externes. Avec Piwik on a aussi des bons résultats mais uniquement quand on intègre son tracking en php dans le site et pas par un composant javascript. Et on a pas testé sur de la très forte charge, mais sur des sites avec un bon trafic ça passe sans soucis.